電泳分離的基礎是建立在蛋白質是帶電顆粒這一事實上的。

SDS是一種陰離子洗滌劑，作為變性劑和助溶性試劑，它能破壞蛋白質分子內和分子間的氫鍵及疏水相互作用，使分子去折疊，導致蛋白質構象改變。

堿性條件下聚丙烯酰胺凝膠易聚合，而酸性條件下由于缺少TEMED的游離堿，難以聚合。

與RO膜相比，UF膜和MF膜具有明顯的孔道結構，主要用于截留高分子溶質或固體微粒。

等電聚焦電泳對蛋白質的分離僅僅取決于蛋白質的等電點，因此可以在凝膠的任何位置加樣。