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某工業(yè)生產(chǎn)企業(yè)委托稅務(wù)師代理對(duì)其當(dāng)年的納稅情況進(jìn)行審核，稅務(wù)師初步了解到，該企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)沒(méi)有季節(jié)性波動(dòng)。企業(yè)產(chǎn)品及所用材料增值稅適用稅率均為17%。深入審核時(shí)，進(jìn)行了以下具體業(yè)務(wù)的處理：
（1）企業(yè)當(dāng)期銷售收入5000萬(wàn)元，相應(yīng)的成本為4500萬(wàn)元，但企業(yè)近三年的賬務(wù)資料顯示，銷售收入成本率為70%-85%，則稅務(wù)師可以確認(rèn)企業(yè)成本列支不實(shí)．應(yīng)當(dāng)調(diào)增企業(yè)所得稅應(yīng)納稅所得額。
（2）企業(yè)期初庫(kù)存材料100萬(wàn)元，當(dāng)期投入生產(chǎn)耗用材料4000萬(wàn)元，期末庫(kù)存材料500萬(wàn)元，企業(yè)當(dāng)期申報(bào)的增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額為550萬(wàn)元，稅務(wù)師可確認(rèn)企業(yè)會(huì)計(jì)進(jìn)項(xiàng)稅額核算不正確，導(dǎo)致當(dāng)期多繳納了增值稅。（假設(shè)都取得增值稅專用發(fā)票且當(dāng)月均通過(guò)認(rèn)證并抵扣）
（3）企業(yè)1-11月的銷售收入為3300萬(wàn)元。稅務(wù)師認(rèn)為銷售與市場(chǎng)需求有關(guān)，確認(rèn)為正常。
（4）審核過(guò)程中，稅務(wù)師甲對(duì)部分業(yè)務(wù)與企業(yè)法人代表、相關(guān)部門經(jīng)理、財(cái)務(wù)、保管、及普通職工進(jìn)行了溝通，稅務(wù)師乙認(rèn)為甲的行為對(duì)納稅審核的保密性有損害。
要求：請(qǐng)根據(jù)所給資料，判斷分析：
（1）第1項(xiàng)業(yè)務(wù)中稅務(wù)師使用的是什么審核方法，并具體分析審核中存在的問(wèn)題；
（2）第2項(xiàng)業(yè)務(wù)中稅務(wù)師使用的是什么審核方法，并具體分析審核中存在的問(wèn)題；
（3）第3項(xiàng)業(yè)務(wù)中稅務(wù)師的判斷存在什么問(wèn)題，簡(jiǎn)述理由；
（4）第4項(xiàng)業(yè)務(wù)中稅務(wù)師乙的理解是否正確，簡(jiǎn)述理由。

北京市某軟件企業(yè)為增值稅一般納稅人，主營(yíng)某軟件的開(kāi)發(fā)和銷售。2015年3月進(jìn)項(xiàng)稅額合計(jì)75萬(wàn)元。當(dāng)月銷售收入如下：
（1）當(dāng)月銷售軟件收入共計(jì)3555萬(wàn)元；
（2）為滿足客戶升級(jí)需要，將進(jìn)口軟件產(chǎn)品進(jìn)行本地化改造后銷售，取得收入50萬(wàn)元；
（3）對(duì)老客戶收取2014年的維護(hù)費(fèi)用70萬(wàn)元。
（4）銷售嵌入式軟件，取得銷售收入共計(jì)500萬(wàn)元，其中硬件設(shè)備銷售額200萬(wàn)元。
（5）全部的進(jìn)項(xiàng)稅75萬(wàn)中，5萬(wàn)元是購(gòu)入生產(chǎn)硬件設(shè)備的材料所負(fù)擔(dān)的增值稅。企業(yè)的上述進(jìn)項(xiàng)稅額計(jì)劃當(dāng)月認(rèn)證，當(dāng)月抵扣。在認(rèn)證中發(fā)現(xiàn)，其中一張發(fā)票為供貨方找他人代開(kāi)的專用發(fā)票（虛開(kāi)增值稅專用發(fā)票），軟件企業(yè)與該供貨方交易合法真實(shí)，且軟件企業(yè)并不知其取得的專用發(fā)票為供貨方虛開(kāi)專用發(fā)票，經(jīng)查該發(fā)票是企業(yè)為生產(chǎn)軟件產(chǎn)品而購(gòu)入材料所取得的。
要求：假設(shè)上述收入均為不含稅收入，且企業(yè)選擇享受相關(guān)即征即退稅收優(yōu)惠，請(qǐng)逐項(xiàng)回復(fù)下列問(wèn)題：
（1）計(jì)算業(yè)務(wù)1應(yīng)繳納的增值稅銷項(xiàng)稅。
（2）計(jì)算業(yè)務(wù)2應(yīng)繳納的增值稅銷項(xiàng)稅。
（3）計(jì)算業(yè)務(wù)3應(yīng)繳納的增值稅銷項(xiàng)稅。
（4）軟件企業(yè)善意取得該專用發(fā)票應(yīng)如何處理。
（5）假設(shè)，最終軟件企業(yè)和供貨方協(xié)商，當(dāng)月又取得對(duì)方補(bǔ)開(kāi)的合法專用發(fā)票并認(rèn)證通過(guò)，2015年3月，軟件企業(yè)當(dāng)月實(shí)際繳納的增值稅稅額。