SDS-PAGE電泳出現“皺眉’現象，說明垂直電泳槽的裝置不合適引起的，特別是當凝膠和玻璃板組成的“三明治”底部有氣泡或靠近隔片的凝膠聚合不完全時容易出現該現象。

等電聚焦電泳對蛋白質的分離僅僅取決于蛋白質的等電點，因此可以在凝膠的任何位置加樣。

結晶的生長是以濃差為推動力的擴散傳質和晶體表面反應（晶格排列）的兩步串聯過程。

堿性條件下聚丙烯酰胺凝膠易聚合，而酸性條件下由于缺少TEMED的游離堿，難以聚合。

在雙向電泳系統中無需濃縮膠，因為第一向等電聚焦已經使得蛋白得到濃縮。