SDS是一種陰離子洗滌劑，作為變性劑和助溶性試劑，它能破壞蛋白質(zhì)分子內(nèi)和分子間的氫鍵及疏水相互作用，使分子去折疊，導(dǎo)致蛋白質(zhì)構(gòu)象改變。

在等電聚焦電泳電極反應(yīng)中，氫離子在陽極形成，氫氧根離子在陰極形成，從而導(dǎo)致在陽極和陰極分別形成低和高pH值區(qū)域。

SDS-PAGE電泳出現(xiàn)“皺眉’現(xiàn)象，說明垂直電泳槽的裝置不合適引起的，特別是當(dāng)凝膠和玻璃板組成的“三明治”底部有氣泡或靠近隔片的凝膠聚合不完全時容易出現(xiàn)該現(xiàn)象。

SDS-PAGE的緩沖系統(tǒng)的選擇較簡單，只要利于分離并保持蛋白質(zhì)的穩(wěn)定以及不與SDS發(fā)生相互作用即可。

一般來說，所帶靜電荷越多，顆粒越小，越接近球形，則在電場中遷移速度越快；反之越慢。