文昌魚神經(jīng)管上的黑色小點(diǎn)，為光線感受器，稱為腦眼。
文昌魚神經(jīng)管的背面并未完全愈合，尚留有一條裂隙，稱為背裂。
文昌魚的腸為一直管，向前伸出一個(gè)盲囊，突入咽的右側(cè)，而稱為肝盲囊，其能分泌消化液，與脊椎動(dòng)物的肝臟為同源器官。
