兩個(gè)序列之間有最高打分值的排列。
在替換矩陣中,每個(gè)位置的打分是在相關(guān)蛋白局部比對(duì)模塊中觀察到的替換的頻率而獲得的,每個(gè)矩陣被修改成一個(gè)特殊的進(jìn)化距離。